Flensborg fjord byder på en fantastisk flora og fauna: Ud over søstjerner, søgræs og vandmænd kan man som dykker også være så heldig at få øje på et marsvin. Men også landskabet under vandet er en oplevelse værd – på bunden af Østersøen kan du finde vragrester eller fuldstændigt bevarede skibsvrag. Nordøst for Flensborg Fjord, i nærheden af Lyksborg (Glücksburg), finder nysgerrige dykkere »Inger Klit«, »Murstenvraget« og »Sophie« i fjordens dyb, som blot er 3 ud af de mange skibe, der er gået til bunds.
Ved naturstrandens stejle skråning i Kildedal (Quellental), ikke langt fra sejlklubben, Flensburger Segel-club, ligger der et ”undervandshus” nede på 9 meters dybde, og Flensborg Fjords dybeste punkt på 19 meter ligger lige ud for halvøen Holnæs (Holnis).